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Größere Orgeln bestehen aus mehreren Orgel- oder Teilwerken, die durch eigene Gehäuse räumlich voneinander getrennt sind und die jeweils einem Manual bzw. dem Pedal zugeordnet sind. Jedes einzelne Teilwerk wird im Sinne des barocken Orgelbaus Norddeutschlands und der Niederlande dabei als eigene, selbständige kleine Orgel aufgefasst und dementsprechend mit Registern ausgestattet – dabei verfügt aber nicht jedes Teilwerk über die gleichen Register, stattdessen erhält jedes Teilwerk eine eigene Klangcharakteristik. Die einzelnen Werke kommen je nach gewünschtem Klangcharakter und spieltechnischer Aufgabe zum Einsatz.

Das Werkprinzip der Rudigierorgel ist dem norddeutschen Barock verpflichtet und besteht aus Hauptwerk (HW), Brustwerk (BW), Oberwerk (OW), Pedal (P) und dem Rückpositiv (RP). Das Brustwerk liegt dabei direkt vor dem Organisten oder der Organistin oberhalb des Spieltisches der Rudigierorgel. Darüber ist das zentrale Teilwerk der Orgel, das Hauptwerk, angesiedelt. Über dem Hauptwerk wiederum befindet sich das Oberwerk. Das Pedal(werk) schließlich enthält die tiefsten Register der Rudigierorgel, weshalb diese in den sogenannten Pedaltürmen an den Seiten der Rudigierorgel angesiedelt sind. Ein sogenanntes Cantus firmus-Pedalwerk über dem Hauptwerk ergänzt das Pedalwerk für die Darstellung eines Cantus firmus (Choral) mit den entsprechenden Register. Im Rücken des Organisten oder der Organistin befindet sich das Rückpositiv in einem eigenen Gehäuse an der Emporenbrüstung. 

Welche Register den einzelnen Werken der Rudigierorgel zugeordnet sind, verrät ihre Disposition.