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Zwei Gründe waren ausschlaggebend für die Errichtung einer Chororgel im Mariendom Linz: Zum einen war es nach der Neugestaltung des Altarraums in den 1980er-Jahren mit der Einbindung des Domchores in den Altarbereich von Bedeutung, auch mit der Orgel näher am liturgischen Geschehen zu sein. Zum anderen zeigte der finanzielle Vergleich, dass ein Orgelneubau kostengünstiger realisiert werden konnte als eine Restaurierung der Lachmayr-Mauracher-Orgel von 1934 mit ihrem elektropneumatischen Kegelladensystem am ehemaligen „Sängerchor“ über der Bischofssakristei. 

Daher wurde 1989 die Chororgel von der Vorarlberger Orgelbaufirma Pflüger mit 26 klingenden Registern, verteilt auf zwei Manuale und Pedal, erbaut und am 26. Oktober 1989 durch Dompfarrer Johann Bergsmann eingeweiht.

Architektonisch und klanglich wurde die Chororgel der Rudigierorgel angeglichen, um ein einheitliches musikalisches Orgelensemble im Mariendom Linz entstehen zu lassen. So schmiegt sich die Pflüger-Chororgel bis heute harmonisch an die bereits 1968 von der Orgelbaufirma Marcussen & Søn erbaute Rudigierorgel an und duettiert seit vielen Jahren mit ihr in Gottesdienst und Konzert.